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收到税务机关的增值税退税的账务处理流程是：
一、收到税务机关退税通知时：
1、确认收到通知书内容准确无误；
2、核实应收税务机关税款抵扣凭证和纳税凭证；
3、登记应收凭证内容并有相应发票认证；
4、查验凭证上传并稽核；
5、根据纳税类型新建应收、应付科目，计算凭证抵扣金额，登记账务处理；
6、把应收凭证认证记入凭证；
7、根据凭证内容做相关的会计处理，登记无误后，进行记账处理；
8、核对登记应收税款抵扣凭证及应税金额等，登录税款信息；
9、收回来的税款与相应的凭证进行轧差，当轧差至零后，可作为退税完成登记记账；
10、将税款内容汇总，形成财务报表及税务申报报表；
11、将本次抵扣退税金额登记在增值税内，再附本公司凭证上传税务机关系统。
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